Nació en Cádiz en torno a 1508, pues, en agosto de 1553 declaró tener cuarenta y cinco años. Era uno de los tres hijos de Rafael Font o Fonte, comerciante de origen catalán, y de Paula Fonte. La familia se afincó en Cádiz, donde Rafael Fonte fue regidor del Cabildo.

En Cádiz lograron una holgada posición económica, aunque, posteriormente, estando ya Lázaro en las Indias, pasaron a Tenerife, donde Rafael Fonte volvió a ocupar una regiduría. Allí gozaron de rentas superiores a los 3.000 ducados al año.

Pese a la buena posición social de su familia, Lázaro Fonte decidió pasar a América, probablemente por los oscuros incidentes en los que estuvo implicado el Jueves Santo de 1533. Ese día, en la procesión de los disciplinantes, se vio envuelto en la muerte de un alguacil. [...]