Soldado embarcado hacia Perú en 1538 en las huestes de Hernando Pizarro. Muy pronto se convirtió en uno de los hombres de confianza de Francisco Pizarro.

Su lealtad al gobernador fue recompensada con el cargo de regidor de Lima, y, sobre todo, con la entrega por parte de Pizarro de su amante la princesa inca Inés Huaylas Ñusta, Quispe Cusi, hija de Huayna Capac y hermana de Atahualpa, junto con una gran encomienda en Chaclla. Muy probablemente Francisco de Ampuero era ya viudo cuando embarcó hacia las Indias. La que había sido amante del gobernador desde 1532 y madre de sus dos hijos se convirtió en la esposa de Ampuero en 1538. Algunos historiadores señalan que Pizarro ordenó el casamiento civil y religioso —algo poco usual entre los españoles— cuando descubrió que su capitán de confianza frecuentaba en exceso a la madre de sus hijos. No parece muy conforme con la realidad, ya que para entonces Pizarro tenía otra amante y premió a la pareja con una gran heredad. Con Inés Huaylas, tuvo tres hijos: Martín Alonso, Francisco e Isabel, quien regresó a España y se casó con un vecino de Santo Domingo de la Calzada. [...]