Era hijo de Antonio María de Munibe Aréizaga, XI conde de Peñaflorida, y de Josefa Joaquina de Aranguren Álava, hija de Santiago de Aranguren Aréizaga, conde de Monterrón, y de Margarita de Álava Sáenz de Navarrete. Fueron sus abuelos paternos Francisco Xavier María de Munibe e Idiáquez, X conde de Peñaflorida, fundador de la Sociedad Bascongada del Real Seminario de Bergara, y Josefa Aréizaga e Irusta, hija de José Gabriel de Aréizaga y del Corral, III barón de Aréizaga.

Cartógrafo y matemático, se le conoce a Víctor de Munibe por su participación en la elaboración del mapa de Vizcaya de Francisco Coello (1857). Asimismo, continuó la obra de construcción del balneario de Zaldívar, iniciada por su hermano José María, edificación que heredó su sobrino Manuel María Gortázar Munibe, mejorando su infraestructura. Estuvo vinculado al ejercicio de la autoridad local y provincial de Guipúzcoa y de Vizcaya. Fue alcalde de Marquina (1841, 1846, 1861, 1863 y 1864), como lo habían sido su tío abuelo Martín José de Munibe e Idiáquez (1706) y su hermano José María (1816 y 1821). Actuó de vocal de esta localidad en las Juntas Generales de Vizcaya de 1839, 1841, 1846 y 1854. En la Junta General de Motrico de 1828 fue nombrado diputado general de Tanda de San Sebastián, Diputación guipuzcoana que venían presidiendo los Munibe desde el siglo xvii. Desempeñó también el cargo de diputado general de Vizcaya, del bando gamboíno, en 1841- 1843 y nuevamente en 1848-1850, por el bando oñacino. [...]