Hijo de un matrimonio de labradores del valle de Urgel, Pedro Claver y Minguella y Ana Corberó y Claver, fue el menor de varios hermanos llamados Juan, Jaime e Isabel. A los doce años perdió a su madre y a su hermano Jaime. Su padre se volvería a casar dos veces más: primero con Ángela Escarrer y, al volver a enviudar, con Juana Grenyó. Tras su primera instrucción con los beneficiados de la parroquia de su pueblo natal, en 1595 recibió la tonsura clerical de manos del obispo de Vic en su pueblo natal. Apadrinado por un tío canónigo, marchó a Barcelona para cursar, como estudiante externo, tres años de Gramática en la Universidad. En 1601 pasó al Colegio de Belén de la Compañía de Jesús y el 7 de agosto de 1602 ingresó en el noviciado jesuita de Tarragona.

Allí formuló sus primeros votos a la edad de veinticinco años y, poco después, completó sus estudios de Latín, Griego y Oratoria en Gerona. En 1605, se trasladó a la isla de Mallorca y continuó su formación teológica en el Colegio de Montesión, donde trabó una profunda amistad espiritual con el hermano portero de la casa, san Alonso Rodríguez, que tenía entonces setenta y tres años. Como otros jóvenes jesuitas, Claver recibió de san Alonso la orientación definitiva para encaminar su vocación misionera hacia las Indias. Muy poco después de que el padre Torres estableciera las primeras casas de la compañía en el Nuevo Reino de Granada, el santo portero habría tenido la premonición de que Claver dirigiría su ministerio pastoral a los esclavos negros de Cartagena de Indias. Así se lo habría transmitido, junto con otras noticias recogidas en un Cuaderno de avisos espirituales, autógrafo, que Claver pudo conservar con licencia de sus superiores y llevó siempre consigo como un preciado tesoro carismático. Aún pasaría dos años más en Barcelona estudiando Teología antes de llegar a Sevilla. En el Colegio sevillano conoció al padre Alonso Mejía y se incorporó a la expedición que partió rumbo a Tierra Firme en los galeones de abril de 1610, cuando Claver estaba a punto de cumplir treinta años. Tras el desembarco en Cartagena, fue destinado a Santafé de Bogotá, donde conoció al padre Antonio Agustín, que sería su director espiritual hasta 1635. Después de oficiar durante más de un año como coadjutor, concluyó al fin sus estudios de Teología en 1613. Sin poder ordenarse por estar vacante la sede arzobispal, hizo su tercera probación en Tunja, en cuyo noviciado pasó todo el año de 1614. [...]