Hijo de Juan Francisco Núñez del Castillo y Sucre, III marqués de San Felipe y Santiago de Bejucal, mayordomo, adelantado y justicia mayor de la ciudad de este nombre, capitán de Infantería agregado al Batallón de Voluntarios de La Habana y capitán de Caballería del regimiento de Milicias de La Habana, y de Juana María Molina y Pita de Figueroa, hija de Manuel de Molina y Ortiz de Matienzo, regidor perpetuo del Ayuntamiento de La Habana. Las hermanas de Juan Clemente fueron María Dolores, Juana, Francisca y María-Antonia.

Con el objetivo de contribuir al desarrollo y fomento de la isla de Cuba, varios hacendados fundaron pueblos y ciudades, siéndoles concedidos títulos nobiliarios que llevaban anexos señorío de vasallos sobre las ciudades que habían fundado a su costa, y permitían a sus poseedores la jurisdicción civil y criminal en primera instancia, anexa a la vara de justicia mayor, con el derecho de nombrar los alcaldes, regidores y demás oficiales del consejo. Estas funciones las ejercieron durante varias generaciones “los señores con vasallaje” en Cuba, hasta que por Real Cédula de 21 de agosto de 1835, fueron suprimidos definitivamente tales señoríos. Sólo cinco títulos nobiliarios en Cuba llevaban anexo el “señorío de vasallos”, y éstos fueron el marquesado de San Felipe y Santiago, los condados de Casa Bayona y de San Juan de Jaruco, y también los marquesados de Guisa y de Cárdenas de Monte-Hermoso. De estos cinco señoríos fundados en Cuba, el primero que se concedió fue al teniente Juan Núñez del Castillo y Piñero (natural de Almuñécar, Granada), por haber fundado en 1711 el llamado “El Bejucal” (cuatro caballerías de tierra de su corral...), situado a seis leguas de La Habana y ocho del “surgidero” de Batabanó, la ciudad de San Felipe y Santiago, cuyo señorío iba unido al título de marqués de San Felipe y Santiago, que se le otorgó el 30 de marzo de 1713; pero Nuñez falleció el 3 de enero de 1724 sin haber sacado el correspondiente real despacho de marqués de San Felipe y Santiago, adelantado y justicia mayor de la ciudad de ese título, cuya denominación eligió por ser el nombre de pila de Felipe V, así como de la ermita de Santiago o ciudad de Santiago de Cuba, donde nació, en un antiguo caserío de la comarca. [...]