Hijo de Luis de Atondo y de Agustina de Aybar. Fue soldado en España desde los diecinueve años. Tras participar en algunas campañas militares, marchó a México en 1669 para servir en la flota del duque de Veragua. En 1676 fue nombrado gobernador de Sinaloa. Tres años después, en respuesta a su solicitud para explorar y colonizar California, el virrey de México, Payo Enríquez de Rivera, le otorgó el grado de almirante y le nombró jefe militar de una expedición cuya financiación estaría a cargo del virrey. La finalidad de esta expedición era fundar poblaciones y consolidar el dominio de la Corona sobre la Baja California.

Compuesta por dos fragatas, Concepción y San José, así como por un barco con los pertrechos necesarios, la expedición zarpó de Sinaloa el 17 de enero de 1683 con rumbo a California. En ella viajaban los sacerdotes jesuitas Eusebio Kino, Matías Goñi y Juan Bautista Copart, quienes se encargarían de la fundación de misiones y la evangelización de los indígenas. [...]