Se desconoce el lugar y la fecha exacta de su nacimiento, aunque distintos autores sitúan su origen en la villa cántabra de Colindres, próxima a Laredo, la que fuera capital de hecho del corregimiento de las Cuatro Villas de la costa de la mar. Incluso en Colindres se rinde memoria a este ilustre hidalgo montañés, dando nombre a una de sus calles principales. Sin embargo, no existe prueba documental alguna que acredite su lugar de nacimiento o la fecha exacta en que se produjo.

El apellido y linaje de los Escobedo no aparece en los distintos padrones de Colindres del siglo xvi, ni entre sus vecinos hidalgos, ni entre sus vecinos pecheros. El apellido Escobedo, muy extendido en los siglos modernos por todo el corregimiento o bastón de Laredo, se halla vinculado al lugar de Escobedo del también montañés valle de Camargo, o al lugar de Mompía, en la histórica abadía santanderina, hoy Ayuntamiento de Santa Cruz de Bezana; o, incluso, a la villa pasiega de Selaya, o al valle de Cayón. La circunstancia que Pedro de Hoyo, también secretario de Felipe II hasta su muerte en 1568, fuese oriundo de la villa, donde además poseía una casatorre, y que una hija suya, de nombre Catalina, casase con Pedro de Escobedo, hijo a la sazón de Juan de Escobedo, ha podido inducir a error a aquellos que sitúan su cuna en esta villa de Colindres. Esa casatorre, conocida como La Casona del Valle, siendo ya propiedad de Catalina de Hoyo y de su esposo, Pedro de Escobedo, sirvió de retiro, a partir de 1582, a Bárbara de Blömberg, conocida popularmente como La Madama, la última amante de Carlos V y madre de Jeromín, Juan de Austria, el vencedor de Lepanto, quien a la postre tendrá una decisiva influencia en la biografía de Juan de Escobedo. [...]