Concionum de Tempore, Valentiae Hedetanorum, in officina viduae Josephi de Orga, 1765-1768

De recto philosophiae recentis in theologiae usu disertatio, 1767

De bonis et malis peripateticis, 1768

Libri sex Ecclesiasticae Rhetoricae, sive de ratione concionandi, Valentiae Hedetanorum, in officina viduae Josephi de Orga, 1768

Concionum de praecipuis sanctorum festis, Valentiae Hedetanorum, in officina viduae Josephi de Orga, 1769

De re Logica ad usum Lusitanorum adolescentium, Valencia, José de Orga, 1769

Silva locorum communium auctore et collectore R.P.F. Ludovico Granatensi, Valentiae Hedetanorum, in officina fratrum Josephi, et Thomae de Orga, 1771

Collectanea Moralis Philosophiae, Valentiae, ex praelo Josephi et Thomae de Orga, 1775

Juicio del tratado de educación del M.R.P.D. Cesareo Pozzi. Lo escribía por el honor de la literatura española Don Juan Bautista Muñoz, cosmógrafo mayor de Indias, Madrid, 1778

Historia del Nuevo Mundo, Madrid, por la Viuda de Ibarra, 1793

Elogio de Antonio de Lebrija, Madrid, Real Academia de la Historia, 1796

“Memoria de la Real Academia de la Historia sobre la inscripción hebrea de la iglesia de nuestra señora del tránsito de la ciudad de Toledo, que con el título de Ilustración publicó Don Juan José Heydeck el año 1795”, en Memorias de la Real Academia de la Historia, t. II (1796)

Satisfacción a la carta crítica sobre la Historia del Nuevo Mundo. Carta a D. Antonio Alemán, Madrid, 29 de junio de 1798, Valencia, 1798

Carta segunda en que se continúa la crítica de la Historia del Nuevo Mundo de don Juan Bautista Muñoz, Madrid, 1798

“Memoria sobre las apariciones y el culto de Nuestra Señora de Guadalupe de México”, en Memorias de la Real Academia de la Historia, t. V (1817).

C. Fernández Duro, “Don Juan Bautista Muñoz. Censura por la Academia de su Historia del Nuevo Mundo”, en Boletín de la Real Academia de la Historia, XLII (1903)

J. M. Chacón, “El Consejo de Indias y la Historia de América”, en Boletín de la Biblioteca Menéndez Pelayo, vol. II (1932)

R. C. Carbia, La Crónica oficial de las Indias Occidentales, Argentina, Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación de la Universidad de La Plata, 1934

Cr. Bermúdez de Plata, “La Casa de la Contratación, la Casa Lonja y el Archivo General de Indias”, en Anales de la Universidad Hispalense, vol. I (1938)

A. Ballesteros Beretta, “Don Juan Bautista Muñoz. Dos facetas científicas”, en Revista de Indias (RI), 3 (1941)

“Don Juan Bautista Muñoz: la creación del Archivo de Indias”, en RI, 4 (1941)

“Don Juan Bautista Muñoz. La Historia del Nuevo Mundo”, en RI, 10 (1942)

P. Beltrán de Heredia, “Dedicatoria inédita de la Historia del Nuevo Mundo”, en RI, 20 (1945)

G. Furlong, Francisco J. Iturri y su “Carta Crítica” (1797), Buenos Aires, Librería del Plata, 1955

Real Academia de la Historia, Catálogo de la colección de Don Juan Bautista Muñoz, Madrid, Real Academia de la Historia, 1954-1956, 3 vols.

A. Herrera, “Estudio Histórico sobre el Real Colegio Seminario de San Telmo de Sevilla”, en Archivo Hispalense, 28-29 (1958)

A. Muro Orejón, “Juan Bautista Muñoz. Las fuentes bibliográficas de la Historia del Nuevo Mundo”, en Anuario de Estudios americanistas, XXIV (1967)

J. Alcina Franch, “Juan Bautista Muñoz, su vida y su obra”, en Historia del Nuevo Mundo, México, Aguilar, 1975

R. M. Serrera, “Manuel José de Ayala: un colaborador decisivo en el proyecto historiográfico de Juan Bautista Muñoz”, en Documentación y archivos de la colonización española, vol. II [Madrid], Subdirección General de Archivos [1980]

C. Mena García, “La enseñanza en el Colegio de San Telmo a través de las Ordenanzas de 1786”, en VV. AA., Actas del I Congreso de Historia de Andalucía, Córdoba, Monte de Piedad y Caja de Ahorros de Córdoba, 1982

C. William de Onis, “Las polémicas de Juan Bautista Muñoz. Cargos hechos por el Sr. D. Juan Bautista Muñoz contra el abate Filiberi de Parri Palma o sea el abate D. Ramón Diosdado Caballero sobre la Historia antigua de México por el abate D. Francisco Xavier Clavíjero”, en Colección Chimalistac, 42 (1984)

C. William de Onis, Juan Bautista Muñoz: ensayista de la Ilustración, Colorado, Universidad, 1985

M. Romero Tallafigo, “La fundación del Archivo General de Indias: fasto en la historia archivística europea” y A. Heredia Herrera, “Bibliografía del Archivo de Indias: Pasado, presente y futuro”, en Archivo Hispalense (AH), 207-208 (1985)

A. Humanes Bustamante, “De la Real Casa Lonja de Sevilla al Archivo General de Indias” y R. Parra, “El Archivo General de Indias”, en La América española en la época de Carlos III, s. l., s. i. [1986] (Ferreira)

Fr. de Solano, “José de Gálvez, fundador del Archivo de Indias”, M. Romero Tallafigo, “Ordenanzas de El Archivo General de Indias. Pasado y presente de la Archivística española” y M. Gómez Gómez, “El Archivo General de Indias. Génesis histórica de sus Ordenanzas”, en Ordenanzas del Archivo General de Indias, ed. facs., [Sevilla], Junta de Andalucía, Consejería de Cultura, 1986

A. Heredia Herrera, “Juan Bautista Muñoz y la creación del Hospicio en Sevilla”, en AH, 217 (1988)

R. Contreras, “Las Colecciones Reales documentales sobre América de la Real Academia de la Historia y su contribución al V Centenario del descubrimiento del Nuevo Mundo”, en Boletín de la Real Academia de la Historia (BRAH), CLXXXVI, Cuaderno I (1989)

M.ª T. Nava Rodríguez, Reformismo ilustrado y americanismo. La Real Academia de la Historia, 1735-1792, Madrid, Editorial de la Universidad Complutense, 1989

R. Contreras, “Algunas censuras de libros hechas por la Real Academia de la Historia durante el siglo ilustrado”, en Coloquio Internacional sobre Carlos III y su siglo, Madrid, Universidad Complutense, 1990

A. Mestre, “Juan Bautista Muñoz, cronista de Indias”, en Historia del Nuevo Mundo, Valencia, Universitat, 1990

M.ª T. Nava Rodríguez, “Robertson, Juan Bautista Muñoz y la Academia de la Historia”, en BRAH, t. III (1990)

“Logros y frustraciones de la historiografía ilustrada española a través de los proyectos de la Real Academia de la Historia”, en Coloquio Internacional sobre Carlos III y su siglo, Madrid, Universidad Complutense, 1990

M. Gómez Gómez, Forma y expedición del documento en la Secretaría de Estado y del Despacho de Indias, Sevilla, Secretaría de Publicaciones de la Universidad, [1993]

S. Albiñana, “Juan Bautista Muñoz, cosmógrafo e historiador”, en Historia y Universidad. Homenaje a Lorenzo M. Luna, México, Universidad Nacional Autónoma de Madrid, 1993

M. Romero Tallafigo, “La fundación del Archivo General de Indias”, en Archivo General de Indias: los archivos españoles, Sevilla, Lunwerg Editores, 1995

N. Bas Martín, “Juan Bautista Muñoz (1745-1799) y la restauración humanístico filosófica en la España del siglo XVIII”, en Estudis, 24 (1998)

“Una aproximación a la Biblioteca del ilustrado valenciano Juan Bautista Muñoz (1745-1799)”, en Saitabi, 48 (1998)

“La recuperación de Fray Luis de Granada en el siglo XVIII: las ediciones de Juan Bautista Muñoz”, en Estudis, 25 (1999)

“Juan Bautista Muñoz (1745-1799): un ilustrado valenciano, autor de la Historia del Nuevo Mundo y fundador del Archivo General de Indias”, en Estudis, 26 (2000)

Juan Bautista Muñoz (1745-1799) y la fundación del Archivo General de Indias, Valencia, Generalitat Valenciana, Biblioteca Valenciana, 2000

El cosmógrafo e historiador Juan Bautista Muñoz (1745-1799), Valencia, Universidad, Dirección General del Libro, Archivos y Bibliotecas, 2002.

Nicolás Bas Martín