Hijo de Luis Carrillo de Mendoza, VI conde de Priego, y de Estefanía de Villarreal, de la casa solar de Villarreal en Arratia (Vizcaya). Se casó con Juana Carrillo de Albornoz, segunda hija de Luis Carrillo de Albornoz, señor de Torralba y Beteta y alcalde ma­yor de los hijosdalgo de Castilla, y de Inés Barrien­tos. La obligación de este enlace fue contraída por el VI conde y se firmó el 14 de julio de 1542.

Fernando fue recibido como gentilhombre de la boca de la Casa de Borgoña del príncipe Felipe en 1548. Permaneció en este cargo, sirviendo al Rey Prudente, hasta, por lo menos, 1574. También ocupó el oficio de mayordomo mayor de Juan de Austria y tras la muerte de su padre, en 1570, recibió el tí­tulo de halconero mayor del Rey. En ese mismo año, el 8 de agosto, tomó posesión de la villa de Priego, de sus rentas, fortaleza y patronato del convento de Nuestra Señora del Rosal, así como de los señoríos de Escavas y Cañaveras. También en 1570 obtuvo el nombramiento de asistente y capitán general de Sevilla, sin duda gracias a sus vinculaciones con los miembros de la facción ebolista. Con anterioridad había estado sirviendo como embajador en la Corte de Portugal. [...]