Hijo de Francisco Antonio Atilano de Cistué y Ejea, señor de Estadilla y natural de esa población, y de Rosa Coll y Chía de Calasanz. Sus abuelos paternos fueron José Cistué y Puyuelo de Estadilla y Antonia de Ejea y Ejea de Fonz. Sus abuelos maternos fueron Nicolás Coll y Viverón de Calafanz y Gerónima Chía y Balafanz de Capella. Su hermano mayor, Pedro, primer barón de la Menglana, también fue abogado y sirvió como su apoderado. José Cistué sucedió a su hermano en este título. Su única hermana, María Antonia, se casó con Antonio Mozarbe.

Cistué tenía diecinueve años de estudios mayores en 1753: tres en Filosofía por la Universidad de Zaragoza y los otros en jurisprudencia civil y canónica por la Universidad de Huesca. En ésta pasó catorce años como colegial en el Mayor de San Vicente Mártir, donde fue rector. Recibió los grados de bachiller en Leyes en 1745 y Cánones en 1746 por Huesca, y eventualmente un doctorado. Cistué sirvió la cátedra de Decretos en 1746, la cátedra de Vísperas de Cánones en 1749, y de 1752 a 1754 la cátedra de Instituta en Huesca. También sirvió un turno como vicerrector de la Universidad. El obispo de Lérida lo nombró su vicario general y provisor. [...]