Fueron sus padres Francisco de Mercado, natural, vecino y regidor de Olmedo, y su esposa Isabel de Alderete, natural de Tordesillas. Nieto paterno de Francisco de Olmedo y María de Mercado, vecinos de la villa de Olmedo, y por parte materna de Pedro de Alderete y Leonor de Ríomayor, que lo eran de Tordesillas. Bisnieto del bachiller Ríomayor, vecino y regidor de la villa de Tordesillas.

Pasó a las Indias en 1535 y llegó al Perú cuando Pizarro acababa de fundar Lima, de donde le envió más tarde en socorro de los capitanes Pedro de Candia y Peranzúrez, que se hallaban en el descubrimiento de las provincias de los Chunchos. Su llegada permitió salvar la vida a muchos de los que escapaban, perdidos y derrotados, que con él pudieron proseguir la marcha por casi doscientas leguas hasta llegar al valle de Tarija. Allí tuvieron noticias de que Pedro de Valdivia se dirigía a la conquista de Chile y fueron en su demanda. Se le reunieron en el asiento y valle de Tarapacá y continuaron en su compañía. Se halló Alderete en la fundación de Santiago de la Nueva Extremadura y fue elegido primer regidor de su cabildo el 7 de marzo de 1541. El 28 de julio del mismo año fue nombrado tesorero real, cargo que el presidente La Gasca le confirmó el 25 de abril de 1548. Valdivia le consideraba hombre prudente, de fidelidad y experiencia, y por eso lo despachó hacia el sur, como apoderado suyo para descubrir y tomar posesión, en nombre del Rey, de los territorios aledaños al estrecho de Magallanes, como lo hizo. [...]