Se alistó muy joven en la milicia local, pues con tan sólo dieciocho años empezó a servir como soldado en el presidio de Loreto, en la California. Entre 1742 y 1751 continuó en este presidio ganándose la estima de sus superiores por su capacidad y decisión en las labores militares. Al quedar vacante el puesto de capitán del presidio de Loreto, por muerte del que fuera su antecesor, Bernardo Rodríguez Lorenzo, el mismo virrey conde de Revillagigedo, con el beneplácito de los jesuitas de la misión, lo propuso para el mando en el verano de 1751. En marzo de 1753, recibió la confirmación oficial como capitán del presidio de Loreto.

Trabajando con los exploradores jesuitas, Rivera estableció varias misiones nuevas en el norte de la Baja California entre 1752 y 1767, como las de Santa Gertrudis en 1752, San Borja en 1762 y Santa María en 1767. Fue muy popular entre sus soldados debido a su equidad y moderada actitud, lo que no le impidió llevar a cabo gran cantidad de acciones bélicas y exploratorias por toda California. Participó en expediciones militares entre 1750 y 1753, en 1765 —junto al famoso explorador jesuita Wenceslaus Linck—, y en la de 1766 que exploró toda el área de San Felipe. [...]