Fueron sus padres el doctor Ramón Martín Zapater, natural de Zaragoza, e Isabel López, originaria de Estella. Recibió el hábito en Valparaíso (Zamora) cuando frisaba en los diecisiete años, profesando en 1646 en manos del abad fray Esteban de la Cruz. Terminada la formación espiritual exigida en los monjes jóvenes, comenzó a frecuentar los colegios para perfeccionarse en las ciencias. Coincidió esta enseñanza con el despliegue cultural en la Congregación, cuando los colegios recién fundados eran centros culturales de primer orden.

No parece claro por qué en 1661 aparece Zapater trasladando su estabilidad a Santa María de Rueda (Zaragoza) siendo así que pertenecía este monasterio a distinta Congregación y eran muy raros los casos, porque era tanto como cambiar de Orden religiosa, por la distancia que existía entre ambas, por cuanto lo mismo la de Castilla que la de Aragón pertenecían al Císter. El tránsito, desde luego, se hizo con autorización de los monjes de Valparaíso. Según indicios manifiestos, nunca rompió con la Congregación de Castilla, por el contrario, continuó con ella con buena armonía, por cuanto desempeñó el cargo de catedrático de Teología en el Colegio de San Bernardo de Salamanca. Es posible que en el tránsito influyera no poco Francisco Diego de Sayas, cronista de Aragón, quien obtuvo para él de la Diputación Provincial los honores de cronista del reino el 28 de junio de 1661. Más tarde, dicho señor estuvo tres meses en cama sin poder trabajar cosa alguna “y habiendo en este tiempo determinado los diputados que la continuación de la historia fuese menos detenida y se adelantase en lo posible en los reinados siguientes, quedó a cargo del cronista ordinario una parte, y la otra a la del maestro Zapater”. Parece que se prolongó la enfermedad del cronista mayor, y entonces confiaron al padre Zapater la prosecución de los anales del canónigo Leonardo, entregándose con todo ahínco a esta meritoria tarea. [...]