Nació en el seno de una humilde familia y estudió de limosna en el Colegio de Santa Cruz de Valladolid y luego en la Universidad de Alcalá de Henares (Madrid), donde se graduó de maestro de Artes y Teología en 1552. Desde 1554 desempeñó diversas cátedras en la Universidad complutense, pasando en 1566 a Valladolid como magistral de su Catedral y catedrático de su Universidad. Después pasó a ocupar el cargo de lectoral de la Catedral de Toledo, ciudad en la que conoció a santa Teresa de Jesús, de la que fue confesor desde el verano de 1576 hasta 1578, en que fue nombrado obispo de Osma (Soria). En 1577, por orden suya y del padre Gracián, escribió la santa el Castillo interior o las moradas, calificando a ambos en el prólogo de “personas de grandes letras”. Alonso fue promovido al obispado de Osma el 13 de junio de 1578, siendo consagrado en Madrid en el mes de septiembre. Siendo ya obispo recibió de santa Teresa una larga carta, que es un tratado sobre la necesidad de la oración. En el capítulo 30 del Libro de las fundaciones, santa Teresa, después de deshacerse en alabanzas al prelado, cuenta la fundación del Convento de Carmelitas Descalzas de la ciudad de Soria, llevada a cabo por la voluntad del obispo, que puso a su disposición una antigua iglesia y consiguió que fuera dotado por una noble dama, Beatriz de Beamonte. La fundación se realizó en 1581 con toda comodidad gracias a los desvelos de Alonso Velázquez, cuya actividad describe santa Teresa de la siguiente forma: “Con el mal del ojo que tiene y otros algunos bien penosos, y el trabajo que es ordinario, ayuna cuatro días a la semana, y otras penitencias. Su comer es de bien poco regalo. Cuando anda a visitar, es a pie, que sus criados no lo pueden llevar, y se me quejaban. Éstos han de ser virtuosos, o no estar en su casa. Fía poco de que negocios graves pasen por provisores, y aun pienso todos, sino que pase por su mano. Tuvo dos años allí al principio las más bravas persecuciones de testimonios, que yo me espantaba; porque en caso de hacer justicia, es entero y recto. Ya éstas iban cesando; aunque han ido a corte y adonde pensaban le podían hacer mal. Mas como se va ya entendiendo el bien en todo el obispado, tienen poca fuerza, y él lo ha llevado todo con tanta perfección, que los ha confundido, haciendo bien a los que sabía le hacían mal. Por mucho que tenga que hacer, no deja de procurar tiempo para tener oración”. A él dirigió la santa su última Cuenta de conciencia. [...]