Educado en Galicia, recibió el hábito de San Francisco en el municipio de Santiago de Compostela.

Formó parte de uno de los dos contingentes de religiosos enviados desde España al Convento de Santa Rosa de Ocopa en el Perú, en 1768 y 1770, para reforzar la actividad misional luego de la expulsión de los jesuitas A su llegada fue enviado a misionar en Huanta (departamento de Ayacucho), donde permaneció poco tiempo antes de pasar a Chiloé. El Convento de Ocopa no sólo contribuyó a la fundación de los colegios misioneros de Tarija (1754) y Chillán (1756), sino que había sido encargado por el virrey Amat de las misiones en dicho archipiélago (1771) y el 4 de noviembre de 1771 el padre fray Francisco Menéndez, junto con catorce hermanos de la Orden, se embarcó en Callao rumbo al sur. De él dice el padre Izaguirre: “De un modo señalado se hizo notable el padre Menéndez, dotado de eminentes cualidades de explorador. Sus expediciones fueron tan provechosas como felices y acompañadas de un gran atractivo para los expedicionarios”. Una vez en Chiloé fue destinado al Colegio de Castro y tenía a su cargo la “misión circular”, que consistía en salir a visitar periódicamente las diversas misiones y en los meses de verano visitaba las 77 capillas del archipiélago. Quien dedicó no pocos años en Chile al estudio de los viajes y diarios del padre Menéndez y que recorrió las regiones exploradas por este misionero, fue el doctor Francisco Fonck, que publicó en 1900 una obra con el título de Diarios de fray Francisco Menéndez, ilustrada con numerosas notas y algunos mapas. El autor consagra también varios párrafos al elogio del Convento de Ocopa, de donde salía todo este intenso movimiento misionero sudamericano. De él dice el doctor Fonck: “El Convento de Ocopa era y es todavía un establecimiento muy notable, indudablemente uno de los mejores de la América del sur. Recuerda precisamente uno de aquellos magníficos conventos antiguos [...] que solemos encontrar en la culta Europa en los puntos más pintorescos [...] convidando al viajero a la vida contemplativa. Con razón Menéndez, le menciona siempre con singular respeto y amor”. En octubre de 1779, Menéndez a la cabeza de una partida de hombres en dos piraguas, se dirigió a las islas situadas al sur de Chiloé alcanzando hasta la laguna de San Rafael, donde convenció a un grupo de indígenas a trasladarse a Chiloé, para facilitar su evangelización. [...]