Estuvo al frente de la caballería ligera durante las campañas de Nápoles a las órdenes de Gonzalo Fernández de Córdoba, el Gran Capitán. Fue general de las tropas imperiales de Carlos V. Estuvo casado con Covella de Sanseverino, de la cual tuvo un hijo, Vespasiano Colonna.

La familia Colonna (el nombre debe mantener la ortografía italiana, pues así ha llegado hasta hoy) era muy antigua en la región de Roma, vinculada a la causa gibelina, como a la güelfa lo estaba su familia rival, los Orsini. Supo sobrevivir a las persecuciones desencadenas por el papa Sixto IV. Los años de la adolescencia y primera juventud de Próspero estuvieron marcados por el cambio de política en ese estado pontificio, cuyo centro era la ciudad santa de Roma. De creer a Matteo Bandello, ese ambiente favoreció una sociedad de gente culta y noble, una república en la que se cotizaba el ingenio, el saber, el gusto por las cosas bellas, la educación, aunque también la estulticia, el soborno y la venalidad. En sus Novelle desfilan un número importante de príncipes, condotieros, diplomáticos, mujeres ilustres y refinados humanistas. Destacan, en primer plano, Alessandro Bentivoglio e Hipólita Sforza, mecenas del escritor, pero de inmediato, sin menoscabo de su valor, habla de los Gonzaga de Mantua, Lansino Curcio, Molsa, Aldo Manucio, Maquiavelo, Guicciardini, Castiglione, la duquesa de Urbino, Giovanni de Médicis, Bernardo Tasso, Julio II, el Pontano, los Visconti de Milán, los Sanseverini de Nápoles, los Adorno de Génova, los Foscari de Venecia, los Este de Ferrara y, por supuesto, Próspero Colonna. Estas gentes de la alta sociedad, por linaje, estudios o cargos, eran, o lo que es más importante, deseaban ser, exclusivamente propietarios de tierras, feudos eclesiásticos o imperiales, que pasan de unas manos a otras con bastante facilidad. No obstante, sus alianzas con los reyes de Europa o el propio emperador Maximiliano formaban una casta ligada por interés a un cierto statu quo, y maniobran frente a los advenedizos como un ejército ante el adversario. [...]