Era hijo de Juan Ocho de Urdaneta, alcalde de Villafranca, y de Gracia de Cerain. Estudió las primeras letras en su ciudad natal y cuando contaba diecisiete años se enroló en la expedición de García Jofre de Loaisa (La Coruña, 1525), que iba hacia las islas Molucas. En la Especiería actuó como embajador ante el jefe nativo de la isla de Gilolo para buscar alianzas frente a los portugueses, cosa que logró. A continuación los supervivientes de la expedición, bajo el mando de Carquizano (anteriormente habían muerto otros predecesores tales como el propio Loaisa, Elcano y Salazar), pasaron a la pequeña isla de Tidore y Urdaneta se destacó de la actividad para mantener un equilibrio, aunque fuera precario, de forma que pronto llegó a ser capitán de grupo frente a los lusitanos (1527) y tuvo notable éxito por cuanto logró que las islas de Tidore y Gilolo o Halmahera quedaran bajo dominio español a cambio de dejar Ternate bajo mando portugués. Al poco también murió Carquizano y el mando pasó a Hernando de la Torre y, al poco llegó la expedición de Álvaro Saavedra Cerón (1528) desde base neo hispana y realizó sendos infructuosos ensayos para cruzar el océano de Oeste a Este. La experiencia fue aleccionadora y los recuerdos que Urdaneta menciona son poco entusiastas, “a las noches eran tantos los piojos que se criaban [...] por cierto, un gallego murió que todos tuvimos por cierto averiguado que los piojos le ahogaron, que no le pudimos escapar de ellos. Limpiaronle muy bien e metiéronle en una pipa abierta, con vestidos limpios, y al tercer día yo le vi que ni él ni la pipa parecían sino los vueltos todos cubiertos de piojos muy grandes, e así murió”. [...]