Miembro de una noble familia asturiana con raigambre marinera, sus buenos contactos en la Corte facilitaron que fuera nombrado por Felipe II general de la Flota de Indias. Realizó numerosos viajes entre España y América, aunque siempre de carácter oficial —por ejemplo, para transportar al virrey Francisco de Toledo al Perú (1569)—, pero nunca en misión exploratoria.

En 1579, tras el regreso de Sarmiento de Gamboa de su viaje de exploración y colonización al estrecho de Magallanes, y tras escuchar el relato de los peligros que aquella zona corría de escaparse al control español por los numerosos corsarios y navegantes extranjeros que por allí se internaban, Felipe II decidió enviar una poderosa flota y numerosos colonos para fundar ciudades en el cono austral de América. Flores de Valdés fue nombrado general de la Armada del Estrecho, para disgusto de Gamboa, que figuraría como segundo de la expedición. [...]