Nacido en Ceánuri (Vizcaya) el 23 de mayo de 1844, Juan José Urraburu quedó huérfano de padre cuando sólo contaba un año. Ingresó en el noviciado de los padres jesuitas, en Loyola (Guipúzcoa), el 3 de mayo de 1860, pasando después a estudiar Humanidades allí mismo (1862-1866) bajo la dirección de Juan José de la Torre, y Filosofía en San Marcos de León (1863-1866). Del “oportuno y prudente” padre De la Torre, que sería el último provincial de la gran provincia de Castilla antes de la división y el primero de la de Toledo, Urraburu heredó el alma pronta y perfecta para el pensamiento y la ciencia. Ya desde sus estudios de secundaria, consiguió un perfecto dominio de las lenguas clásicas en Villacarriedo con los escolapios.

A partir de 1866 y hasta 1868 enseñó Retórica en Loyola —teniendo entre sus alumnos al futuro general de la Compañía, P. Luis Martín—, y disuelta la Orden en España por la revolución Gloriosa de 1868 lo haría en Saint-Acheul (Francia). En efecto, Urraburu encabezó una de las dos expediciones, integrada cada una por dieciséis hermanos, que tuvo que abandonar Loyola, entre el 18 y 21 de octubre de 1868, toda vez que el alcalde de Azpeitia, José Manuel de Larrañaga, no pudo parar las acometidas de la Junta Revolucionaria de San Sebastián, presionado por periódicos como La Discusión o La Iberia, frente a la decisión de la diputación foral de Guipúzcoa, presidida por el carlista Miguel Dorronsoro y Ceberio. [...]