Nació en Sevilla hacia 1480 y era hijo de Diego de Villalobos y de Aldonza de Vera. Cursó la carrera de leyes en la Universidad de Salamanca. Para ejercer su oficio, se avecindó en la ciudad de Jerez de la Frontera, donde se casó con un miembro de la alta nobleza, Isabel de Manrique, la cual no supo olvidar los aires de grandeza que arrastraba su apellido y pretendió levantar una pequeña corte en Santo Domingo sin recursos para ello y con gran perjuicio para su economía.

El 5 de octubre de 1511 una Real Provisión, firmada en Burgos por la reina doña Juana, creaba una “Audiencia y Juzgado”, en la isla Española, desarrollando así la sentencia dada en Sevilla en los famosos Pleitos Colombinos entre el heredero del descubridor, Diego Colón, y la Corona. Por ello, al día siguiente, el 6 de octubre de 1511, también en Burgos, Marcelo de Villalobos fue nombrado juez de Apelaciones de la dicha “Audiencia y Juzgado” junto con Juan Ortiz de Matienzo y Lucas Vázquez de Ayllón. Los tres jueces designados recibirían un sueldo anual de 150.000 maravedís cada uno, al mismo tiempo que se ordenaba al gobernador Diego Colón dar doscientos indios de repartimiento a cada uno de ellos. [...]