Combatió en Guatemala y en Nicaragua antes de pasar a Perú (1534), bajo las órdenes del adelantado Pedro de Alvarado. Ocupó la plaza de tenedor de Bienes de Difuntos en la marcha contra Cuzco.

Aparece en las negociaciones de Riobamba, y más tarde fue regidor de la ciudad de Quito. Por orden de Sebastián Moyano de Benalcázar buscó una nueva ruta entre Quito y el océano Pacífico; fundando en el trayecto los pueblos de Puerto Viejo y Caraques.

La fundación de Puerto Viejo lo enfrentó al capitán Francisco de Pacheco, fundador de San Gregorio de Puerto Viejo (12 de marzo de 1535) en la misma jurisdicción de Puerto Viejo. Francisco Pizarro terminó la disputa nombrando gobernador a su capitán Gonzalo de Olmos. A cambio Puelles recibió la gobernación de San Francisco de Quito (San Miguel de Piura, 8 de marzo de 1536). Desde ahí el 28 de mayo de 1536, envió refuerzos a Lima contra el cerco de Titu Cusi Yupanqui. Por razones desconocidas fue apresado por Benalcázar. Más tarde Lorenzo de Aldana, por orden de Pizarro, lo nombró teniente gobernador de Quito. Llegado el nuevo gobernador de Perú, Cristóbal Vaca de Castro, fue nombrado teniente y enviado a Piura para informar a los capitanes fieles a la causa real. Participó en la batalla de Chupas (1542), también en la pacificación de Bonbón, Tarma y Huanuco, tumultuados por el cacique Ila Tupac. Pedro de Puelles fundó por tercera vez la ciudad de Huánuco, como León de Huánuco, para halagar a Vaca de Castro que era leonés (Mayorga). [...]