Fue originario de Plasencia, donde nació hacia 1502. Sus padres fueron Juan Manuel Villena y Elena de Carbajal, ambos de sangre real. No se sabe por ahora en qué año pasó a Perú, pero el motivo debe estar ligado al grado de paisanaje que ostentara, pues también provenía de la región de Extremadura, tierra del capitán y conquistador del Tahuantinsuyo, Fran­cisco Pizarro. José Antonio del Busto arguye si éste no sería el mismo capitán Diego Manuel de Carba­jal quien, junto al factor Illán Suárez de Carbajal y por órdenes de Francisco Pizarro, aparece en 1536 armando una entrada contra las tropas de Manco Inca. En 1539, ante la necesidad de fundar una ciu­dad intermedia que sirviera de salida al mar a toda la región mediterránea de la sierra peruana y que fuera comunicable con Lima, se procedió a fundar la Villa Hermosa de la Ribera de Camaná, siendo electo Car­bajal como su primer alcalde junto a Pedro Barroso, quien tiempo después encabezó la segunda fundación de Huánuco. Con este cargo viajó a la Ciudad de los Reyes a procurar mercedes para su ciudad y, en vista de aquello, Pizarro lo nombró teniente de goberna­dor y dándole el 6 de junio de 1540 la potestad para cambiar el asiento de la población si así lo decidía el cabildo camanejo. [...]