Primogénito del matrimonio formado por Benito Fernández San Miguel y Rita Valledor y Navia, pertenecientes a la baja nobleza asturiana. Era hermano del general y político Evaristo y del teniente general Santos Fernández San Miguel. Realizó sus estudios de Leyes en la Universidad de Oviedo, donde alcanzó el grado de bachiller en 1789, y el de doctor en 1793. Nombrado maestro de pajes por el obispo de Astorga, obtuvo por oposición una canonjía y fue abogado consultor de Cámara, aunque se duda que fuera clérigo, dado que en aquel tiempo había canonjías de oficio que se podían ganar y desempeñar sin estar ordenado de mayores.

En 1796 se encontraba ya en Gijón, donde mantuvo estrechos contactos con Jovellanos, amigo de su familia. En este año figura como opositor a cátedras de la Universidad de Oviedo y parece que pudo haber desempeñado alguna de ellas, al tiempo que mantenía una activa correspondencia con Jovellanos sobre la legislación española. El 9 de noviembre de ese año, por encargo del propio Jovellanos, se trasladó a Gijón para realizar un padrón de la ciudad, donde trabajará los próximos años y pronto destacará entre los abogados de la villa, cuyo bufete fue de los más frecuentados. [...]