Procedía de la unión de las dos familias más acomodadas de toda La Rioja. Su padre, Ezequiel Martínez de Sicilia y Ruiz de la Cámara, natural de Logroño, fue un acaudalado comerciante poseedor de grandes extensiones de viñedos e importantes bodegas. Su madre, María del Carmen Anacleta Santa Cruz y Orive, también natural de Logroño, descendía de una familia muy rica, pues su padre, Domingo Santa Cruz, fue uno de los más destacados propietarios de la ciudad de Logroño y de toda La Rioja.

La prematura muerte de sus padres —en abril de 1812 murió su padre cuando ella sólo tiene ocho meses, y en el verano de 1816, su madre, contando ella cinco años— hizo que se encargaran de su cuidado y educación sus abuelos y tutores: Domingo Santa Cruz, abuelo materno, y María Guadalupe Ruiz de la Cámara, abuela paterna. De ésta, heredó una profunda religiosidad y una exquisita educación, y de su abuelo un sólido sentimiento de unión familiar y un gran afán por la cultura. Según el testimonio de los que la conocieron, María Jacinta era hermosa y elegante y destacaba por su extraordinaria discreción, cultura y bondad. [...]