Hijo del pintor de cámara Simón Méndez y Andrés, y de Antonia Fernández Casariego. Su madre utilizó su apellido materno, y con éste fue registrado Francisco de Asís, que recibió este nombre en homenaje al Rey consorte de la Reina Gobernadora, padrino en el bautizo —representado por la duquesa de la Conquista—.

Nació Méndez Casariego en la madrileña plaza del Conde de Barajas, junto al palacio de la Bula de la Cruzada.

Desde muy joven integrado en asociaciones religiosas, y cuando parecía predestinado a estudiar una ingeniería, se matriculó en Derecho, una vía entonces normal —Madrid aún no tenía seminario— para el acceso a la carrera eclesiástica. Licenciado en Derecho y en Teología, se ordenó como presbítero el 19 de septiembre de 1874. Las buenas relaciones paternas con la Casa Real hicieron que en febrero de 1875 fuera nombrado coadjutor de la real parroquia, pasando a ser párroco en julio de 1978. En 1881 recibió título de capellán de honor de Su Majestad, título meramente honorífico pero que le permitió un interesante núcleo de relaciones. No obstante, cesó como párroco en agosto de 1885, en contra del parecer del Rey, que inmediatamente —noviembre del mismo año— le nombró canónigo de la recién creada catedral madrileña. [...]