Francesco Saverio Genaro Giuseppe de Borbone, príncipe de Nápoles y de Sicilia y duque de Puglia, fue hijo segundogénito de Ferdinando IV, rey de Nápoles y de Sicilia, hijo de Carlos III —titulado desde diciembre de 1816, Ferdinando I, rey de las Dos Sicilias—, y de la reina Marie Caroline, nacida archiduquesa de Austria y hermana de María Antonieta, reina de Francia.

Caballero de la Insigne Orden del Toisón de Oro a los pocos días de su nacimiento, cuando tan sólo contaba un año de edad se convirtió en heredero de ambas Coronas, por la muerte de su hermano mayor.

Ya desde su primera juventud manifestó un carácter esquivo y reservado —quizá causado por la fortísima personalidad de su madre— y un gusto notable por la vida familiar. Fue casado en primeras nupcias en Foggia (Nápoles) el 25 de junio de 1797 con su prima hermana la archiduquesa Clementine de Austria (Florencia, 24 de abril de 1777 – Nápoles, 15 de noviembre de 1801), princesa imperial, princesa real de Bohemia y de Hungría, princesa de Toscana, hija del emperador Leopoldo II y de la emperatriz María Ludovica, infanta de España. De esta unión tuvo sucesión en una única hija. [...]