Fue bisnieto de José Antonio Ybarra de los Santos, nieto de Gabriel Ybarra Gutiérrez de Cabiedes e hijo de Fernando Luis Ybarra Arámbarri y María Revilla Ingunza. Murió dos años antes su padre, en 1888, que su abuelo, en 1890. Estudió Derecho y Filosofía y Letras en la Universidad de Deusto entre 1891 y 1897 y en 1898 fue nombrado consejero de Altos Hornos de Bilbao para cubrir la vacante dejada por el fallecimiento de su tío, José Vilallonga. Fue miembro también del primer consejo de Altos Hornos de Vizcaya (AHV) cuando se constituyó en 1902, y desde 1899, con veinticuatro años años, formó parte de la junta directiva de la Liga Vizcaína de Productores. En 1901 se casó con Ángeles Oriol Urigüen, con la que tuvo a Fernando, María José y Luis María.

Además de AHV, formó parte del consejo de Hulleras del Turón y fue vicepresidente de la Sociedad Española de Construcción Naval, pero donde su actividad encuentra difícil parangón es en el campo de la electricidad. Comenzó en 1901 al entrar en el banco de Vizcaya y adquirir acciones de la recién constituida Hidroeléctrica Ibérica, de la que fue elegido vicepresidente en 1904 y presidente en 1908. Para entonces ya formaba parte de los consejos de Hidroeléctrica Española, Electra del Viesgo y Unión Eléctrica Vizcaína, al tiempo que había participado en 1906 en la creación de la Compañía de Tranvías y Electricidad de Bilbao. En 1911 obtuvo también la presidencia de Hidroeléctrica Española, que compaginó con la de la Ibérica. Se trataba de un conglomerado de empresas de producción y distribución de energía eléctrica cuya cabeza más visible era Fernando Ybarra, y como tal desarrolló una extensa labor de creación de nuevas sociedades relacionadas con el sector. En 1918 colaboró personalmente en el establecimiento en Vizcaya de la Babcock & Wilcox, productora de maquinaria eléctrica, y un año después impulsó la Sociedad de Electrificación Industrial para combatir al Banco de Bilbao y su proyecto de Saltos del Duero. En 1921 fue nombrado primer presidente de la recién constituida Sociedad Ibérica de Construcciones Eléctricas, dos años después estuvo presente en la creación de la Sociedad Ibérica del Nitrógeno, y en 1929 obtuvo la presidencia de General Eléctrica Española, filial en Vizcaya de la empresa matriz norteamericana del mismo nombre. [...]