La relación de Juan de Samano con los asuntos indianos se iniciaba en 1513, cuando ingresaba como oficial en la secretaría de Lope de Conchillos. Su cercanía a éste le proporcionaba la concesión de una serie de mercedes, como la escribanía de la villa de Trinidad en Cuba o la de Puerto del Rey en la isla Fernandina en enero de 1516, en cuya tramitación pudo influir la habilidad falsificadora de Conchillos. Pero, sin duda, el mayor beneficio para Samano se derivaba del desempeño de su propio oficio, puesto que esta actividad le permitía entrar en contacto con Francisco de los Cobos, quien accedía a la Secretaría de Indias en 1518.

Las ausencias de Cobos, quien acompañaba al Rey en sus viajes, motivaron que tuviese que designar a personas de su confianza para el desempeño de los trabajos correspondientes al secretario de Indias. Así, en mayo de 1520, con motivo de la coronación de Carlos I en Alemania, disponía que se encargasen de estas cuestiones su primo Pedro de los Cobos y Juan de Samano. La marcha del primero propiciaba que Samano asumiese en solitario esta labor. Su conocida pertenencia al grupo clientelar de Francisco de los Cobos motivaba que sufriese diversas represalias por parte de la Junta durante la revuelta comunera. Sin embargo, el secretario también supo recompensar a su protegido con la concesión de diversas mercedes, como la Escribanía Mayor de la Gobernación de Nueva España (1524), competencia que se hizo extensiva hasta los territorios de Tierra Firme (1528) y, por último, hasta el estrecho de Magallanes (1534). [...]