Hijo de Alonso de Cárdenas y Valda, natural de Va­lladolid, señor de las casas de Valda, Recalde y Vizcar­qui, corregidor de Córdoba, y de su primera mujer, María de Zárate y Recalde, natural de Sevilla, prima hermana de su madre. Sus abuelos paternos fueron Lorenzo de Cárdenas y Figueroa, natural de Llerena, y Lorenza de Valda y Gamboa, natural de Azcoitia, señora de Valda, y sus abuelos maternos fueron Diego Ortiz de Zárate, natural de Orduña, caballero de la Orden de Santiago y María de Recalde, natural de Azcoitia.

Hermanos suyos fueron Alonso de Cárdenas y Valda, natural de Sevilla, caballero de la Orden de Alcántara (1599) y Diego de Cárdenas y Valda, na­tural de Sevilla (1581), caballero de la Orden de San­tiago (1612), gobernador de Yucatán (5 de diciembre de 1620), gobernador provisto de la nueva ciudad de Veracruz, capitán general del ejército en Cantabria, consejero de Guerra (21 de agosto de 1634), de la Junta de Guerra de Indias y del Consejo de Indias (15 de enero de 1654), casado con Ana Francisca de Portugal y Ortegón, descendiente que era de Cristó­bal Colón. [...]