Aunque se ignora su filiación, podría reconstruirse a partir de la de su sobrino y heredero Juan Pérez de Vargas, que fundó un mayorazgo en Andújar al testar el 28 de junio de 1609 (marqués de Saltillo, 1951), que daría lugar en el siglo xviii al marquesado de Contarelo. Por otra parte, García de Cereceda afirma “que servía de más de 20 años” en 1534, lo que permite calcular su ingreso en la milicia hacia 1510-1512 y su nacimiento en la última década del siglo xv. El referido año de 1534 se le encuentra ya de capitán en Nápoles, sirviendo en el “tercio del Reyno”, llamado también de la “guarda del Reyno”, aunque sería más conocido como Tercio de Nápoles.

En 1535, su compañía fue destacada para tomar La Goleta (14 de julio) y Túnez (21 de julio), donde sirvió a la vista del Emperador. Concluida la empresa, dicha compañía quedó afecta a la guarnición de la fortaleza de La Goleta, siendo una de las cuatro asignadas para servir bajo el mando del capitán general Bernardino de Mendoza (1501-1557). Cuando este último fue nombrado capitán general de las galeras de España (1538) y vino a sucederle Francisco de Tovar, Pérez de Vargas pasó al castillo de Bona (la antigua Hipona, hoy Annaba), con título de gobernador. Sin embargo, debido a los gastos que ocasionaba su defensa, en 1541 recibió la orden de arrasar las fortificaciones y regresar a La Goleta. El mismo año, se sumó a la expedición de Argel, ante la que desembarcaron el 23 de octubre. Al día siguiente, un fuerte temporal hundió parte de la flota y de las provisiones, por lo que hubo de procederse al reembarque de las tropas (3 de noviembre de 1541), cancelándose la operación. Días antes, el Emperador le había ordenado formar un tercio de infantería con las tres compañías del presidio de Bona, más otras seis agregadas de los tercios de Sicilia y Nápoles, para servir en Lombardía. Al desembarcar en Génova, a mediados de noviembre, tuvo que sofocar un intento de motín de sus soldados, que reclamaban una paga adicional, como recordaría posteriormente Bernardo de Aldana, uno de sus capitanes. [...]