Hijo bastardo del Luis Fajardo de la Cueva (Vélez-Blanco, 1508-1574), II marqués de Los Vélez y adelantado mayor del reino de Murcia, y de Ana Ruiz de Avendaño y Alarcón (Villapalacios, p. s. XVI-Vélez-Blanco, 1580). Se educó en el castillo velezano de su progenitor, junto al resto de hermanos mayores, y el 2 de enero 1569 se enroló en el ejército levantado por su padre para la guerra de los moriscos del reino de Granada. Fue gobernador de la fortaleza de Oria y asistió el 18 de junio de aquel año al socorro del castillo de Cantoria, atacada por El Maleh. Su acción facilitó el repliegue ordenado a Oria, donde sostuvo la defensa de plaza en el contrataque morisco, que repelió. El 24 de julio volvió a salir victorioso del segundo cerco a Oria, tras el cual fue relevado –el 29 de octubre– para retornar a Vélez-Blanco ante una gran ofensiva de Abén Aboo a la capital del señorío de Los Vélez.

Al término de la contienda permaneció Vélez-Blanco al lado del marqués, hasta que falleció en 1574. Entonces Luis Fajardo marchó a Salamanca para estudiar en su Universidad y residió en el colegio de San Ildefonso, donde se procuró un círculo de amistades que resaltaría con el tiempo en la jerarquía de la Iglesia. En 1579 volvió a Murcia para acompañar a su moribundo hermano mayor, Pedro Fajardo y Fernández de Córdoba (Vélez-Blanco, 1530-Murcia, 1579), III marqués de los Vélez y adelantado mayor del reino de Murcia. De allí se trasladó a Vélez-Blanco para prestar importantes servicios a la casa marquesal, asentándose un año más tarde en Murcia, donde fue regidor. En esta ciudad se casó en 1581 con Luisa de Tenza Pacheco y Cascales, propietaria de Espinardo, Ontur, Albatana y Mojón Blanco. [...]