El territorio del Estado de Querétaro ha sido ocupado desde la antigüedad por diversos grupos étnicos; entre los primeros destacan los otomíes (flechadores de pájaros), que poblaron la amplia zona que rodea la cuenca de México y comprende los actuales Estados de Hidalgo, México y Querétaro; también hay presencia teotihuacanos y toltecas, pero, más tarde, en torno a los siglos XIV y XV, fueron desplazados por los chichimecas y hay incursiones de purépechas y aztecas.

Con la conquista de los españoles de Tenochtitlán, en 1521, se acentuaron las migraciones de otomíes al Bajío. A dicha cañada se le llama en voz purépecha Crétaro o Queréndaro, que derivó en Querétaro, que significa “pueblos o lugar de peñas” y también se traduce en “juego de pelota”. A partir de 1521, el otomí Mexici asentó a su población al sur de la actual ciudad de San Juan del Río, en lo que llamaron Yztacchichi Mecapam (“chicimecos blancos o Tierra blanca de chichimecos”), quien entró en contacto con el mercader Conin (Conni, después llamado Fernando de Tapia) y éste con Nicolás de San Luis Montañés, “capitán general e indio cacique principal que se decía descendiente de los reyes y emperadores de la Provincia de Tula y Jilotepex (Xilotepez)”, según Padilla, mientras que en San Juan del Río se indica que el sacerdote Juan Sánchez de Alanis “tuvo un papel importante en la conversión” de Conin, y junto a él trazó el pueblo de Querétaro en 1550, mientras que Anaya precisa que es el encomendero Hernán Pérez de Bocanegra el que convenció al indígena Conin de que aceptase ser su vasallo, previa conversión al cristianismo y jurar fidelidad a la Corona española (se bautizó con el nombre de Fernando —Hernando— de Tapia, contrajo matrimonio con Magdalena Ramírez, de origen otomí y sobrina de Nicolás de San Luis Montáñez, y murió en 1571), se unió a su pariente Nicolás de San Luis Montáñez, que, junto con la ayuda de mexicanos, tlaxcaltecas y españoles, formó un ejército de quinientos soldados (según San Juan del Río, otros autores hablan de un número mucho mayor) “con el fin de pacificar y cristianizar las tierras” que corresponden al actual Estado de Querétaro. [...]