Hijo de Miguel de Alameda y Juana Martínez, feligreses de la parroquia de San Pedro de Recas, donde creció y se educó, hasta que decidió ingresar en la Orden Agustiniana, que fue en 1544, fecha en que tomó el hábito en el convento de San Agustín de Toledo, donde hizo su profesión a las cuatro de la tarde del 10 de marzo de 1545 y dio comienzo a sus estudios eclesiásticos. Su nombre encabeza la lista de la docena de agustinos colectados por el padre Juan de San Román con destino a México y que llegaron a la capital azteca en la segunda quincena de mayo de 1561, después de cruzar el Atlántico a bordo de la nao La Trinidad, capitaneada por el maestre Juan de Heredia.

Ya en el Capítulo Provincial celebrado en el convento de Totolapa el 8 de mayo de 1563 se encuentra su nombre en la lista de predicadores y confesores en idioma mexicano. Su vida laboriosa y su celo misionero fueron méritos suficientes para que sus superiores lo escogiesen para formar parte de la primera misión a Filipinas. Dicha expedición, encabezada en lo civil por Miguel López de Legazpi y en lo religioso por su hermano de hábito fray Andrés de Urdaneta, se hizo a la vela el 21 de noviembre de 1564, ejerciendo él como capellán de la almiranta San Pablo. Atracaron en las playas filipinas el 13 de febrero de 1565 y, al tener Urdaneta que salir para la Nueva España en busca del tornaviaje, los frailes agustinos lo eligieron unánimemente por su superior. Fue la isla de Cebú el primer escenario de su fecundo apostolado, destacando entre sus catecúmenos una sobrina del régulo Tupas de Cebú, a quien apadrinó Legazpi y en honor a su mujer le puso el nombre de Isabel, y posteriormente la esposó el calafate y maestre Andrea, siendo el primer matrimonio celebrado entre un español y una filipina en el archipiélago. También el padre Herrera catequizó y educó en la fe al régulo Tupas, bautizándole con el nombre de don Felipe, “porque era entre todos el hombre de mayor política y talento”, siguiendo a su conversión la de otros muchos familiares, principales y pobladores de la isla de Cebú y otras adyacentes. [...]