El 18 de febrero de 1809 ingresó en el Ejército como cadete de Infantería, tomando parte en numerosas acciones bélicas, entre las que cabe destacar las de Sansol, Tarazona, Arnedillo, Cornago, Yerga, Orduña, Bilbao, Salinas de Añana y Nanclares, concluyendo la campaña de teniente. Sobrino del destacado jefe realista Juan Bautista Guergué, Juan Antonio se lanzó a la campaña anticonstitucional el 22 de agosto de 1822. Al frente de setecientos infantes y sesenta jinetes penetró en Estella el 14 de octubre de ese año y derrotó al día siguiente a las tropas liberales del coronel Sebastián Fernández, que murió en el combate, haciendo más de trescientos prisioneros.

Dirigió posteriormente las acciones de Echauri, Aranaz y Viana y participó en el combate adverso de Nazar a las órdenes de Quesada. Posteriormente desarmó a los milicianos de Elciego y Laguardia, ascendiendo a comandante. El 7 de enero de 1823 participó en la acción de Muniáin, y dos días después combatió a las órdenes de Santos Ladrón en Estella. Seis días más tarde fue derrotado en la venta de Armentia por las fuerzas liberales, que pasaron por las armas a la mayor parte de los setenta prisioneros realistas que lograron capturar. Tras la intervención francesa participó en los bloqueos de Pamplona y Lérida, terminando la campaña como teniente coronel. [...]