Hijo de Francisco Villota y Hartaza y de María Jacinta Martines de Huidobro. Pasó cuatro años estudiando Filosofía en el convento dominicano en Málaga y tres años como estudiante becado en el Colegio de la Inmaculada Concepción en Cabra. Avanzado a la Universidad de Granada para estudiar leyes, recibió un grado de bachiller y licenciatura en 1787, y el doctorado en 1788. En 1790 obtuvo los mismos grados en Cánones. Mientras estuvo en Granada Villota entró en el Colegio de Santa Catalina en 1787 y sirvió como su rector en 1790. Enseño en la Cátedra de Derecho Público. Durante cinco años realizó una pasantía con Simón de Corpas, un notable abogado en Granada. Villota compitió sin éxito por una canonjía en Jaén en 1791, pero fue electo a la Sociedad Económica de Granada el mismo año.

Nombrado para sustituir a Manuel Antonio Rubianes como fiscal de la Audiencia de Quito por resulta de 12 de diciembre de 1796 y título del 20 de mayo de 1797, Villota nunca sirvió. Por el contrario, fue a Buenos Aires como fiscal del Crimen en una permuta con Andrés José de Iriarte por orden real del 7 de marzo y título del 28 de marzo de 1799, y posteriormente sirvió en esa Corte como fiscal civil. Una confirmación real de su ascenso le siguió con fecha del 19 de abril de 1804. Como fiscal en 1806 y temiendo la idea de soberanía popular, él les aconsejó a los poderes locales que no tenían derecho de desalojar al virrey marqués de Sobremonte. En 1807 fue uno de los dos ministros que permanecieron en el área de peligro durante la invasión británica. Villota luego apoyó al virrey Santiago de Liniers y se opuso al cabildo de Buenos Aires. Sus esfuerzos en Buenos Aires fallaron al obtener una continuación del gobierno virreinal de Baltasar Hidalgo de Cisneros hasta que Fernando fuera restaurado o que hubiera una reunión general de las provincias del virreinato. [...]