Ingresó en el Ejército español como cadete del Regimiento de Infantería de Sevilla el 22 de mayo de 1789. Participó en el sitio de la ciudad de Ceuta y estudió en la Academia de Matemáticas de Cádiz, fundada el 15 de febrero de 1790 y dirigida por el teniente coronel de Ingenieros José del Pozo. Dicho centro de enseñanza era filial de la Academia de Matemáticas de Barcelona, cuyo plan de estudios debía seguir.

Fue admitido en el Cuerpo de Ingenieros como subteniente e ingeniero ayudante el 29 de noviembre de 1793. Destinado en Madrid, un año después (el 12 de septiembre de 1794) era enviado a Pancorbo (Burgos), donde permaneció trabajando en sus fortificaciones hasta que, por R.O. del 29 de agosto de 1796, marchaba a Extremadura.

Juan Manuel de la Cruz se encontraba en la isla de Puerto Rico en el mes de diciembre de 1798, desconociéndose la fecha exacta de su llegada, siendo ascendido a ingeniero extraordinario en abril de 1799. [...]