Hijo de Pedro Aglipay y de Victoriana Labanan. A los dieciocho años se matriculó en el colegio dominicano de San Juan de Letrán de Manila para cursar la segunda enseñanza. Continuó algunos estudios en la Universidad de Santo Tomás, que no terminó.

Vuelto a su provincia natal, estudió la carrera eclesiástica en el seminario diocesano de Vigan. En 1889 recibió la ordenación sacerdotal. En su ministerio parroquial, su conducta no satisfacía a las autoridades eclesiásticas.

Declarada la Revolución filipina en 1896, de la que se mostró partidario, el general Emilio Aguinaldo nombró al sacerdote Aglipay vicario general castrense del ejército revolucionario, cargo que él aceptó sin aprobación de la jerarquía católica. También fue nombrado por el mismo Aguinaldo diputado al Congreso de Malolos, convocado en 1899 para adoptar una Constitución de la nueva República. Aglipay aparece entre los firmantes de la misma. [...]