Mss. en la Biblioteca Real del Monasterio del Escorial

salvo unas pocas hojas, todos son autógrafos del autor: La Vida de San Hierónimo, Doctor de la Santa Iglesia, sig. T.III.27

La Vida de San Hierónimo, Doctor de la Sta. Iglesia, sig. a.IV.1

Segunda Parte de la Historia de la Orden del Glorioso Doctor Sant Gerónimo, Dirigida al Rey Nuestro Señor Don Philipe II, sig. a.IV.2

Tercera Parte de la Historia de la Orden de San Gerónimo, sig. ç.III.3, n.º 1

Libro tercero de la Historia de la Orden de San Gerónimo. La fundación y grandeza del Monasterio del San Lorencio el Real de la Orden de San Gerónimo. Fábrica del Rey Don Philippe Segundo, sig. &.II.22, n.º 2

La Historia del Rey de los Reyes y Señor de los Señores (Apocalips. XIX). Jesus Christus heri et hodie ipse et in secula (Hebreos XIII), sig. I.III.23, n.º 3

Libro primero de la 2.ª Parte de la historia del Rey de los Reyes. Jesus Xristus heri el hodie ipse et in secula, sig. ç.III.13, n.º 1

Libro primero de la 2.ª parte de la historia del Rey de los Reyes. Jesus Xristus heri et hodie ipse et in secula, sig. ç.III.14, n.º 1

La Historia del Rey de los Reyes y Señor de los señores (Apocalip. XIX, v. 16). Jesus Xristus Heri, et hodie, ipse et in secula (Heb. XIII), sig. ç.III.15, n.º 1

Discursos sobre el Ecclesiastés de Salomón según la verdad del sentido Literal, sig. I.III.24

Exposición del Psalmo 90: Qui habitat, sig. Z.IV.23, n.º 18

Benedicti Ariae Montani Hispalensis. Votum Poenitentiae. Con la versión en tercetos de su discípulo el Rmo. P. Sigüenza y la parágrafe sobre el Evangelio In principio erat Verbum, etc. en octavas reales, sig. M.22.I.9, n.º 3

Commentaria in D. Thomam, sig. b.III.24

Sermones, sig. ç.III.13, n.º 2

Exposición del capítulo primero del evangelio de Sant Juan, sig. I.III.23, n.º 4

Que los libros de aves, serpientes y animales que están en la Librería de San Lorenzo no se entreguen para clasificarlos al Dr. León (borrador), sig. ç.III.3, n.º 17

Copia del P. Sigüenza de la inscripción de la sepultura del noble caballero Juan Fernández Calvo, en el monasterio de Sta. María de Gracia, criado y camarero del Rey Don Pedro, que finó en Granada el año 1409, sig. ç.III.3, n.º 18

Parecer del P. Sigüenza sobre la colocación que hizo el P. Fr. Alonso de Oropesa, general de la Orden de San Gerónimo, en el Capítulo de 1462, sig. ç.III.3, n.º 19

Apunte del P. Sigüenza sobre el monasterio de Sta. M.ª de Gracia, de la Orden de San Jerónimo, cerca de Carmona, sig. ç.III.3, n.º 20

Providencias tomadas para el buen arreglo de la biblioteca de San Lorenzo, sig. H.I.11, n.º 25

Manuscritos con poesías del P. Sigüenza, sig. f.IV.29

Manuscritos con poesías del P. Sigüenza, sigs. f.IV.33, &.III.33, n.º 15, Z.IV.12 y L.I.18, n.º 3

Índice castellano-arábigo de manuscritos árabes de San Lorenzo el Real, sig. H.I.7

Discursos morales sobre el Eclesiastés de Salomón, declarado según la verdad del sentido literal, sig. M 22.I.9, n.º 2 (atrib.)

In Genesim et Deuteronomium Annotationes seu loca communia per ordinem Alphabeti digesta. Alphabetum Primum, sig. f.IV.32 (atrib.)

Exposición del Salmo 90, sig. ç.III.14, n.º 4 (atrib.)

Exposición del Evangelio de San Juan: In principio erat Verbum, sig. ç.III.14, n.º 3 (atrib.)

Sermones, sig. ç.III.13, n.º 4 (atrib.)

Cartas del Pedro de Valencia al P. Sigüenza, sig. L.I.18, n.º 2. Grabados: Rmo. P. Fr. Josef de Sigüenza gloria de su Máximo Padre San Gerónimo y de su Sapientísimo Maestro Benito Arias Montano. Sacado del Original, atribuido al Ticiano Portugués Alonso Sánchez Coello, que se halla en la celda prioral del el Real Monasterio de San Lorenzo, Biblioteca Nacional, Retratos, 1751, n.º 1

El P. Fr. Josef de Sigüenza: Vno de los escritores a quien debe más la Lengua Castellana. Historiador célebre y elegante. Nació en Sigüenza año de 1544 y murió en el Escorial en 1606, Biblioteca Nacional, Retratos, 1751, n.º 2

Fr. José de Sigüenza, Biblioteca Nacional, Retratos, 1751, n.º 3

El P. Sigüenza, Biblioteca Nacional, Retratos, 1751, n.º 4

El P. Sigüenza, Biblioteca Nacional, Retratos, 1751, n.º 5

Vida de San Gerónimo Doctor de la Santa Iglesia, Madrid, 1595

Segunda parte de la Historia de la Orden de San Gerónimo, Madrid, 1600

Tercera Parte de la Historia de la Orden de San Gerónimo, Madrid, 1605

Instrucción de Maestros, Escuela de Novicios, Arte de perfección religiosa, y monástica, Madrid, 1712

La historia del Rey de reyes y Señor de los señores, ed. y estudio del padre L. Villalba, Madrid, Imprenta Helénica [1917], 3 vols.

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Francisco Javier Campos y Fernández de Sevilla, OSA