Nace en Ávila en torno a 1540, probablemente en la calle de la Albardería (hoy San Segundo). Hasta los trece años vivió con sus padres, Juan Hernández y Catalina de Estrada, vinculados al gremio de la carpintería.

En 1533 se incorporó, como aprendiz, al taller de Juan Bautista Vázquez el Viejo. Cuando contaba con unos veinte años, se trasladó a Sevilla, juntamente con su tutor y maestro.

El profesor J. M. Palomero Páramo, refiriéndose a la fecha en que comenzó su vida en Sevilla, escribe: “El inicio de la estancia ininterrumpida en Ávila de Juan Bautista Vázquez el Viejo y Jerónimo Hernández arranca de los meses centrales de 1560, tras asistir Jerónimo Hernández el 30 de marzo en Ávila a la partición de bienes de sus padres y cobrar Vázquez el 20 de abril del Cabildo de Toledo, el finiquito de las pinturas que hizo para la puerta del Perdón, de la Catedral Primada, con motivo de la entrada de Felipe II en la Ciudad Imperial” (Gerónimo Hernández, pág. 21). [...]