Fue hija de Francisco de Bobadilla, capitán, maestresala real y corregidor de Andújar, Córdoba y Jaén, y de una noble segoviana, María de Peñalosa. En 1490 su padre concertó su matrimonio con Pedrarias Dávila, el heredero del obispo de Segovia, como un intento de hacer las paces entre dos familias enfrentadas. A favor de la pareja, su tía paterna, Beatriz de Bobadilla, la marquesa de Moya, se comprometió a interceder con la reina Isabel I como su amiga y camarera. El enlace, que finalmente tuvo lugar en 1498, se vio amenazado en las luchas tras la muerte de Felipe I, cuando se refugió temporalmente en la casa de sus tíos paternos.

No sólo volvió al lado de su marido, sino que insistió en acompañarle al territorio americano denominado Castilla del Oro cuando Pedrarias fue nombrado su gobernador y capitán general en 1513. Pedro Mártir de Anglería imaginó un discurso en que Isabel, “de ánimo varonil”, rechazó la posibilidad de quedarse atrás, “esperando, no al marido, sino sus cartas”. El rey Fernando accedió a una petición de Pedrarias de viajar con su esposa, “pues vos y ella lo deseáis tanto” (Archivo General de Indias, Panamá, 233, l. 1, fol. 128). El ejemplo de Isabel sirvió para animar la participación femenina en lo que sería la primera expedición colonizadora que la Corona proyectaba a gran escala. El testamento que Pedrarias redactó antes de zarpar para nuevos territorios legó a Isabel la joya que más quisiera de los bienes de su marido en el caso de su muerte, “porque viéndola pueda haber más continua memoria del amor que a su merced siempre tuvo”. [...]