Nació en una familia conversa. Era hermano del canónigo Francisco Ortiz el Nuncio, y más joven que él, pues era hijo de la segunda esposa del padre. Sus relaciones nunca fueron muy cordiales entre ambos dada la psicología pacífica de uno y la vida un tanto turbulenta del otro. Era hermano también del canónigo Nicolás Ortiz.

Desde muy joven fue una persona seria y estudiosa y pronto dedicó sus esfuerzos al servicio de la Iglesia.

Muy pronto obtuvo una ración en la Catedral de Toledo, con cuyas rentas probablemente se costearía los estudios. En 1467 siendo bachiller en Derecho, fue nombrado párroco de Nombela. Frecuentó la Universidad de Salamanca, donde adquirió una sólida formación, alcanzando el doctorado in utroque jure. Muy joven todavía, el 18 de septiembre de 1473, optó a una canonjía en la Catedral de Toledo, pero el Cabildo, en condiciones de dudosa legalidad, hizo colación de ella en Juan Morales, un poderoso y bullicioso hombre de iglesia típico de aquel tiempo, que era ya deán en la Catedral de Sevilla. [...]