José Fernández de Santillán fue el tercer hijo de Alonso Fernández de Santillán y Venegas, caballero de la Orden de Santiago, y de Francisca Ana de Quesada y Manuel, casados en 1624. Los Santillán de Sevilla se decían descendientes de Domingo Polo de Santillán, caballero que acompañaba al rey Fernando III el Santo en la conquista de la ciudad y el primero que enarboló el pendón de Castilla en la Giralda al entrar las huestes reales. En el repartimiento, Domingo Polo y sus descendientes recibieron casas en la calle Real de las Armas de Sevilla y tierras en las villas cercanas de Pilas y Huévar.

En la década de 1660, José y su hermano Fernando estudiaron en Salamanca. Después, Fernando llegaría a ser canónigo de la santa iglesia catedral de Sevilla, mientras que José prefirió la carrera de las armas y ya en 1667 escribía desde Cartagena de Indias, donde era capitán de una compañía de infantería de la nave almiranta de galeones. Se tiene noticia de que dos años después se encontró con el gobernador de Caracas, Fernando de Villegas, marqués de Paradas, cuñado de su hermano mayor, Francisco Fernández de Santillán, primer marqués de la Motilla. José fue nombrado entonces gobernador y capitán de guerra de Maracaibo, tras el ataque del pirata inglés Henry Morgan a aquellas costas. [...]