A pesar de ser un hombre acaudalado, su espíritu aventurero lo llevó a América hacia 1530, y tres años más tarde se encontraba entre los primeros conquistadores del Perú, asistiendo junto a Pizarro y Benalcázar a la ejecución del inca Atahualpa, en Cajamarca. En premio a sus servicios, Pizarro le dio la importante encomienda de los cañaris, grupo étnico que había colaborado estrechamente en la caída del Estado incaico. Núñez de Bonilla aceptó la encomienda y a principios de 1538 se trasladó a Tomebamba en compañía de varios soldados y algunos sacerdotes. Cumpliendo con lo dispuesto por Pizarro, procedió a levantar un pequeño caserío con techumbres de paja y paredes de lodo y adobe en la llanura de Paucarbamba, al que llamó Santa Ana de los Ríos (sobre el cual posteriormente, en 1557, Gil Ramírez Dávalos fundaría la ciudad denominada Nueva Cuenca del Perú). [...]