Hermano menor de Valentín Zubiaurre Aguirrezábal, vivió los cuatro primeros años de su vida en Garay, localidad natal suya y de su padre, al cuidado de un ama de cría. Un accidente que sufrió en su infancia pudo haber sido la causa de su sordera; gracias a una enseñanza especial, aprendió a hablar, a pesar de lo cual perteneció a la Asociación de Sordomudos de Madrid, en la que llegó a ocupar el cargo de vicepresidente.

A los cuatro años de edad, pasó a vivir en Madrid con su familia. Desarrolló una temprana vocación por el dibujo, así como una notable afición por el teatro. En 1893 comenzó a asistir a la Escuela Central de Artes y Oficios de Madrid y tres años después ingresó en la Escuela Especial de Pintura, Escultura y Grabado, donde en la clase de Paisaje fue discípulo de Carlos de Haes y luego de Jaime Morera y Antonio Muñoz Degrain, que le influyó en mayor medida. También fueron profesores suyos Luis de Madrazo, Luis Álvarez Catalá, Luis Menéndez Pidal, Dióscoro Teófilo de la Puebla y José Moreno Carbonero. Entre todas las asignaturas destacó en la de Paisaje, en la que obtuvo accésits en 1898, 1899 y 1902, y medalla en 1900. Ello orientó hacia ese género su primera producción. Así, en 1899 concurrió a la Exposición Nacional de Bellas Artes de Madrid con las obras Puesta de sol en Garay (Vizcaya), Paisaje de Mañaria (Vizcaya) y Paisaje de Garay, y dos años después lo hizo con seis paisajes vascos. [...]