Nació en Cádiz, hijo de la caraqueña María Rita de Michelena y Moreno de Mendoza y huérfano del teniente de navío Francisco Chacón y del Valle, superviviente del combate de Trafalgar a bordo del navío Príncipe de Asturias, oficial destacado en el sitio de Cádiz cuando la guerra contra Napoleón, herido gravemente en las batallas de Ciudad Real y Talavera y muerto a la edad de treinta y tres años en acto de servicio en el naufragio del navío San Telmo. En el informe que el director de la Armada Juan María Villavicencio acompaña a la instancia del futuro guardia marina para solicitar de la real merced una plaza de gracia, se hace constar que el malogrado Francisco Javier Chacón “era de muy buena conducta y leal servidor del Rey por cuya circunstancia y los servicios prestados, estima el informante de que tomando S. M. lo expuesto conceda la plaza de gracia solicitada como hijo huérfano de padre muerto en acción de guerra”.

Ya en posesión del nombramiento de guardia marina (1832) y más tarde con la patente de oficial (1836) embarca en los navíos Héroe, Restauración, Marte y la fragata Perla, afecta a la División Naval del Cantábrico, tomando parte en las operaciones navales de la Primera Guerra Carlista, donde su nombre aparece como distinguido en varias ocasiones. Al demostrar especiales condiciones para el estudio, solicita y se le concede formar parte de los incipientes batallones de Artillería de la Armada, en los cuales alcanza el grado de teniente, pero más tarde vuelve a la Armada, cuando la guerra civil está en todo su apogeo, y toma parte en diversas acciones en el norte y Cataluña. Sus buques son ahora la fragata Isabel II, el mando del falucho Galgo, el vapor correo de ultramar Caledonia y el vapor Iberia. En un breve paréntesis de destino en tierra desempeña la ayudantía del Colegio de Aspirantes de Marina, pero embarca nuevamente, esta vez con el mando del vapor Velasco hasta que, promovido a capitán de fragata en 1856, luego de una breve permanencia al frente del Colegio Naval de Cádiz es nombrado comandante del vapor Don Antonio de Ulloa, del que pasa a tomar el mando del navío Vasco Núñez de Balboa, buque en el que habrá de desempeñar la más importante y honrosa misión de su vida militar y de la que se conoce sobradamente la dedicación y el celo con que la lleva a cabo. [...]