Hijo de Fernando II (1157-1188), rey de León, y de su mujer Urraca Alfonso, llamada “La Portuguesa”, por su procedencia. Fue bautizado en la catedral de Zamora. Dada la anticanónica consanguinidad de sus padres, el matrimonio hubo de disolverse poco tiempo después del nacimiento de Alfonso, en 1175, por lo que su madre desapareció de la Corte leonesa refugiándose en un monasterio portugués; la ilegitimidad del matrimonio de sus padres, y su anulación posterior, no fue obstáculo para que fuese reconocido como legítimo heredero. De su crianza sería responsable la salmantina María Ibáñez y el matrimonio leonés formado por Adán Martínez y María Díez. Pasada la niñez, su formación estuvo en manos de Armengol, conde de Urgel, y de Juan Arias y su mujer, Urraca Fernández.

Es la pluma de Lucas de Tuy, canónigo isidoriano anteriormente a su condición de obispo tudense, quien, a través de su Cronicon mundi, nos revela las características físicas del joven príncipe, a quien conoció personalmente: “Es de rostro noble, elocuente, generoso, de gran fortaleza física, diestro en el manejo de las armas y muy firme en su fe católica [...] Cuando se enojaba se asemejaba al rugido de un león. Al revestirse con las armas de guerra y montar a caballo, su gesto manifestaba más fortaleza de ánimo que ferocidad [...] Nunca fue vencido en el campo de batalla, permaneciendo siempre victorioso en las guerras que sostuvo frente a cristianos y sarracenos”. Da a entender el tudense, poco después, que era clemente, misericordioso, pero también aficionado a las mujeres, colérico y de oídos atentos a la calumnia. Añade, además, para grandeza y loor de san Isidoro y de su colegiata leonesa, un milagro del santo en favor del propio Alfonso, a quien curó de ceguera, tras ser lavados sus ojos con agua milagrosa. [...]