El Consejo Real lo aprobó para ejercer como abogado y por un tiempo fue un asistente del corregidor de Sevilla.

Por título del 6 de septiembre de 1720, fue nombrado al cuarto puesto de oidor de la reestablecida Audiencia de Quito. Obtuvo una licencia el 6 de junio de 1721 para viajar a su puesto con su esposa Juana Marcheño y Ayala y criados. Después de que Pedro Martínez de Arizala se negara para reemplazar al presidente José de Araujo y examinar su conducta en el puesto, Rubio fue nombrado a pesar de un nombramiento previo como oidor de Santafé en 1739. El 3 de junio de 1743, se convirtió en presidente interino y rápidamente encerró en Tumbes a Araujo, con quien los jueces constantemente estaban enredados. Se trataba de un enemigo personal del antiguo presidente, Rubio obtuvo un caso contra él pero el Consejo de Indias lo volcó y declaró que Araujo era un buen sirviente del rey en 1746. Posteriormente, Rubio fue suspendido de su puesto por ocho años y condenado a pagar una multa de 4.000 pesos en 1747. Durante este tiempo no podía ocupar un puesto público. Fue restaurado a su puesto en 1757 y después de un breve servicio como presidente interino, tras la muerte del marqués de Selva Alegre en septiembre de 1761, fue jubilado por consulta del 14 de noviembre de 1764. Como sucedió con los otros jueces en la corte, inicialmente estuvo de acuerdo con la oposición pública a impuestos en 1765 pero poco después cambio de opinión. [...]