Nació en Sevilla y estudió derecho en Madrid. El licenciado Francisco de Alfaro no era una figura desconocida en el ámbito de la Corona de España. El Consejo de Indias lo propuso al Rey, el 10 de septiembre de 1597, para ocupar la vacante como fiscal de la Audiencia de Charcas. Se había desempeñado como tal “con verdadera sastifacción”, durante cuatro años, en la audiencia de Panamá. Era fiel servidor, cuidadoso en toda forma de los intereses de la Real Hacienda, juez e inspector con poderes amplios allí donde se requería serenidad y honradez. A fines de 1610, el presidente de la Audiencia de Charcas encomendó a su oidor, Francisco de Alfaro, realizar las visitas a las provincias “confiando en las buenas partes, letras, rectitud y cristianidad que concurren en vos [...] y la entrega y larga noticia que teneis de materias de Indios”. En Cédula Real se había establecido claramente los objetivos de su misión: primero, ir a todas las ciudades, villas y lugares de dichas provincias y gobernaciones; en segundo lugar, visitar las cajas y almacenes reales y los cabildos; en tercer lugar, ver a los encomenderos y depositarios de indios; finalmente, saber y averiguar cómo se han usado los oficios. Alfaro era, pues, un juez e inspector que debía llevar a cabo una visita difícil, minuciosa, pues requería una severidad y honradez a toda prueba, y Alfaro demostraría ser digno de la confianza que se depositaba en él. En cumplimento de su comisión, estuvo Alfaro en Santiago del Estero, Córdoba y Buenos Aires. Desde la capital de la provincia escribió el visitador al Rey informándole que en cumplimiento de su misión había visitado cinco ciudades en un año. Que no podía ir “a la ciudad del Guairá y la Villa Rica, sin grandes y notorios riesgos y si quien es criollo de aquella tierra temió (Hernandarias) [...]”. Además, el viaje de ida y vuelta al Guairá, tomaría seis meses. De su visita al Tucumán, Buenos Aires y el Paraguay sacaba la conclusión “que hacia muy grande imposibilidad en dilatar el concluir esta visita porque los agravios de los Indios instaban cada día el remediarlos”. Siguió viaje Alfaro al Paraguay y estudió atentamente la condición social de los indios. El régimen de vida que los indígenas llevaban con los españoles debió de sorprenderle en sumo grado, pues naturales y colonizadores se mantenían en una armonía inimitable. [...]