Juan de Villegas fue hijo de Antonio de Villegas y de Isabel de Castro. Sus predecesores eran naturales de las montañas, del palacio y solar de Villegas, en el valle de Toranzo. El 30 de enero de 1551 realizó una información de hidalguía, ante el licenciado Puente, teniente de corregidor en Burgos, por el señor Gutiérrez González, corregidor de Burgos, y ante el escribano público de la ciudad, Hernando de Santolis.

Era sobrino del capitán Jerónimo de Villegas. Por su hidalguía la Reina le dio, en 1551, tres reales cédulas de recomendación para cuando pasara a Indias: una para el virrey, Antonio de Mendoza, expedida en Valladolid el 26 de junio de 1551, para que se le dieran tierras y solares; otra para los oficiales de las isla Española, San Juan, Cuba, Provincia de Tierra Firme y de las otras islas o provincias, expedida en Valladolid el 26 de junio de 1551, para que no pagase el derecho de almojarifazgo; y la tercera expedida para la Audiencia, para que se le favoreciera y se le hiciese merced. [...]