Era hijo del hidalgo Pedro González de Madrid, natural de Palencia, tesorero de la Santa Cruzada y de la Hermandad, y de Leonor de las Casas. Tenía cuatro hermanos: Alonso Fernández de Madrid, clérigo erasmista y sucesor suyo en el arcedianato; Juan Fernández de Madrid, contino de Carlos V; Pedro González de Madrid, canónigo palentino, y Leonor de Madrid.

En 1487 entró como racionero en el Cabildo de la catedral de Palencia. A pesar de que ya era bachiller, el Cabildo le mandó al estudio para graduarse en Teología, título que, no obstante —quizá por su prolongada enfermedad—, nunca enseñó. En 1500 fue nombrado arcediano de Alcor en la iglesia palentina. Las actas capitulares para el año siguiente dan constancia por primera vez de una enfermedad suya, “de bubas y dolores”, de cuya descripción se puede deducir que posiblemente se trataba de la sífilis. Con el fin de curarse, consiguió el permiso para marchar primero a Castromocho, en la Tierra de Campos, y en 1502 a Granada, donde se hallaban sus padres, y donde esperaba encontrar buena asistencia médica. Su estancia en la ciudad andaluza fue prolongada y la repitió por lo menos una vez antes de su muerte. El día 22 de abril de 1510 firmaba en un documento ante un notario granadino como testigo: “Françisco Hernandes de Madrid, clérigo [...] estante [...] en Granada”. [...]